安徽东南医学科技发展有限责任公司名称中“东南”由来，安徽医科大学前身东南医科大学（1926年建校上海），1949年因新中国成立初期响应国家战略布局调整内迁怀远，1952年迁址合肥（改名安徽医学院），1985年改名安徽医科大学。
安徽东南医学科技发展有限责任公司（下称“东南公司”）前身是由安徽医科大学兴办的校办企业安医大图书服务社，2015年12月在原安医大图书服务社基础上变更为安徽东南医学图书期刊科技服务中心 。2020年3月，完成经营性国有资产集中统一监管试点改革工作，并纳入省国资委集中统一监管。2022年1月，为适应公司业务发展需求，经安徽国有资本运营控股有限公司和安徽医科大学决议，合肥市市场监督管理局批准，“安徽东南医学图书期刊科技发展有限责任公司”自2022年1月21日起变更登记为“安徽东南医学科技发展有限责任公司”，2025年4月，安徽医科大学校党委决定，东南公司由原来三级机构调整为二级机构正处级建制。
公司目前拟下设子公司：安徽省江淮医谷平台服务有限公司、安徽省转化医学研究院有限公司等；
基本职能：科技成果转化服务，代表大学出资、投资经营性业务等事项，保证国有资产保值增值，服务大学教学科研出版事业，服务学校高水平大学建设。