安徽东南医学科技发展有限责任公司名称中“东南”由来，安徽医科大学前身东南医科大学（1926年建校上海），1949年因新中国成立初期响应国家战略布局调整内迁怀远，1952年迁址合肥（改名安徽医学院），1985年改名安徽医科大学。
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